С 2007 года Юданов А.В. является главным хирургом Новосибирской области и работает в должности руководителя хирургической службы больницы. Благодаря ему создано несколько территориальных программ по оказанию специализированной медицинской помощи, в том числе стартовала программа трансплантации печени в 2010 году.

С января 2011 года Анатолий Васильевич назначен на должность заместителя главного врача по медицинской части, без отрыва от хирургической деятельности. 

В 2007 году Анатолий Васильевич стал победителем конкурса профессионального мастерства «Врач года» по специальности «Хирургия».

Анатолию Васильевичу Юданову присвоено звание «Заслуженный врач Российской Федерации» в 2010 году, в 2012 году он стал лауреатом Государственной премии Новосибирской области.